سیستم خنک کننده با آب از یک پمپ برای گردش مایع خنک کننده در لوله حرارتی و دفع گرما استفاده می کند. قسمت جذب کننده حرارت روی رادیاتور (که در سیستم خنک کننده مایع جعبه جذب حرارت نامیده می شود) برای جذب گرما از CPU کامپیوتر، پل شمالی و کارت گرافیک استفاده می شود. گرمای جذب شده توسط بخش جاذب گرما از طریق رادیاتور طراحی شده در پشت بدنه به خارج میزبان تخلیه می شود.
امروزه در زمینه خنککننده کامپیوترهای شخصی، اگرچه رادیاتورهای خنککننده هوا اساساً از دایره باطل اتلاف شدید گرما با صدای زیاد فرار کردهاند، اما عموماً در جهت حجم زیاد، لولههای حرارتی متعدد و اضافه وزن در حال توسعه هستند که باعث ناراحتی زیادی میشود. به کاربران در استفاده و نصب واقعی رادیاتورها و همچنین تست بزرگی بر روی تحمل بار و تحمل فشار لوازم جانبی کامپیوتر انجام می دهد. با توجه به مشکلات فوق در دوران پس از سرمایش هوا، رادیاتورهای آب خنک به تدریج توسط اکثر کاربران رایانه پذیرفته می شوند.
به عنوان یک فناوری اتلاف حرارت بالغ، اتلاف گرمای خنکشده با آب همیشه به طور گسترده در روشهای صنعتی مانند اتلاف حرارت خودروها و موتورهای هواپیما استفاده میشود. کاربرد فناوری اتلاف حرارت با آب خنک در زمینه کامپیوتر به این دلیل نیست که اتلاف حرارت با هوا خنک به پایان خود رسیده است، بلکه به این دلیل است که سرعت اتلاف حرارت مایع بسیار بیشتر از هوا است، بنابراین رادیاتورهای خنک کننده با آب اغلب عملکرد خوبی دارند. اثرات اتلاف گرما و نویز را نیز می توان به خوبی کنترل کرد. با توجه به مزایای آن در راندمان اتلاف گرما و بیصدا بودن، رادیاتورهای خنککننده آب بلافاصله پس از رایج شدن خنککننده هوا ظاهر شدند. خوشبختانه امروزه خنک کننده با آب در زمینه کامپیوتر رواج یافته است و این به دلیل پیشرفت زیاد در ایمنی و پایداری خنک کننده مایع است.