سیستم خنک کننده با آب از یک پمپ برای گردش مایع خنک کننده در لوله حرارتی و دفع گرما استفاده می کند. قسمت جاذب حرارت روی رادیاتور برای جذب گرما از CPU کامپیوتر، پل شمالی و کارت گرافیک استفاده می شود. گرمای جذب شده توسط بخش جاذب گرما از طریق رادیاتور طراحی شده در پشت بدنه به خارج میزبان تخلیه می شود. به عبارت دیگر، بزرگترین مزیت خنک کننده با آب این است که به جای استفاده از مایع برای خنک کردن لوازم جانبی کامپیوتر، می توان گرما را بدون افزایش دمای داخل بدنه به رادیاتور منتقل کرد. تا زمانی که عملکرد خنک کننده رادیاتور برای تخلیه گرمای هدایت شده توسط لوله حرارتی به هوا بهبود یابد، می توان با کاهش سرعت فن رادیاتور خنک کننده یا اتخاذ طراحی بدون فن، به طراحی بی صدا دست یافت.
اتلاف سریع گرما
یکی دیگر از مزایای مهم خنک کننده با آب این است که مایع دارای ظرفیت گرمایی زیاد و افزایش آهسته دما است، که برای اطمینان از اینکه CPU فوراً در هنگام وقوع یک وضعیت اضطراری در رایانه نمی سوزد مفید است.
پس از روشن شدن رایانه، دما به آرامی افزایش مییابد، در حالی که دمای خنککننده هوا به سرعت به مقدار ثابتی افزایش مییابد. وقتی CPU رویدادهای ناگهانی مانند محاسبات در مقیاس بزرگ داشته باشد، اوج ممکن است فوراً از حد دمای CPU عبور کند. خنک کننده آب می تواند این پیک را به خوبی فیلتر کند تا ایمنی CPU را تضمین کند.